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Der dritte Tätigkeitsbereich des EDSB kann am besten mit „Kooperation“ beschrieben werden. Er umfasst die Arbeit an bestimmten Fragen sowie die eher strukturelle Kooperation mit anderen Datenschutzbehörden. Darunter fallen zum Beispiel Fragen, die sich darauf auswirken, wie eine Bestimmung der Richtlinie 95/46/EG auszulegen ist, die in die nationale Gesetzgebung umgesetzt wurde. Er kann ferner in Fällen relevant werden, in denen Beschwerden in mehreren Mitgliedstaaten erhoben werden. Das wichtigste Ziel des EDSB ist die Förderung der Kohärenz beim Schutz personenbezogener Daten.
Die zentrale Plattform für die Kooperation in der EU ist die Artikel-29-Datenschutzgruppe. Hier treffen sich die nationalen Datenschutzbehörden zum Meinungsaustausch über aktuelle Fragen, zur Erörterung einer gemeinsamen Interpretation von Datenschutzvorschriften und zur fachlichen Beratung der Europäischen Kommission.
Der EDSB beteiligt sich auch an der Arbeit zur Gewährleistung eines guten Datenschutzes in der dritten Säule der EU, die die polizeiliche und justizielle Zusammenarbeit umfasst. Hierzu gehört unter anderem die Teilnahme an einer Reihe von Sitzungen der Gemeinsamen Kontrollinstanzen für die im Rahmen der dritten Säule eingerichteten Informationssysteme. Er ist außerdem Mitglied der von der Europäischen Konferenz zur Beratung in Fragen der dritten Säule eingerichteten Arbeitsgruppe „Polizei“. Darüber hinaus nimmt der EDSB an Sitzungen der Gemeinsamen Aufsichtsbehörde für das Schengener Informationssystem teil, das sowohl unter die erste als auch die dritte Säule der EU fällt.
Eine der wichtigsten Kooperationsaufgaben bezieht sich auf Eurodac, bei dem die Zuständigkeiten für die Überwachung des Datenschutzes geteilt werden. Eurodac ist ein umfangreiches IT-System, in dem die digitalen Fingerabdrücke von Asylbewerbern gespeichert werden. Es besteht aus nationalen Einheiten (die den nationalen Bestimmungen unterliegen) und einer Zentraleinheit (die den Bestimmungen der Verordnung (EG) Nr. 45/2001 unterliegt). Ein koordinierter Ansatz ist entscheidend, da die Überwachung von der Zusammenarbeit zwischen den nationalen Datenschutzbehörden und dem EDSB abhängt. Der EDSB richtet deshalb zweimal jährlich stattfindende Koordinierungstreffen aus.
Jedes Jahr werden zwei große Datenschutzkonferenzen organisiert. Alljährlich treffen sich im Frühling die Datenschutzbeauftragten von Behörden der EU Mitgliedstaaten und des Europarates im Rahmen einer europäischen Konferenz. Im Herbst eines jeden Jahres treffen sich zahlreiche Datenschutzexperten sowohl aus dem öffentlichen wie privaten Sektor zur internationalen Konferenz.
Internationale Organisationen, für die nationale Rechtsvorschriften nicht gelten, haben oft keinen gesetzlichen Rahmen für den Datenschutz. Da praktisch alle von ihnen personenbezogene Daten verarbeiten, beschloss der EDSB, einen Workshop über „Datenschutz als Teil von Good Governance in internationalen Organisationen“ mit Vertretern von rund 20 Organisationen zu organisieren. Ein Follow-up-Workshop ist derzeit in Vorbereitung.
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