Le CEPD peut être impliqué dans des affaires devant la Cour de justice de plusieurs manières différentes: le CEPD peut saisir la Cour dans les conditions prévuies par le traité (article 47(h) du Règlement (CE) n°45/2001), les décisions du CEPD peuvent être contestées devant la Cour et le CEPD a le droit d'intervenir dans des affaires portées devant la Cour lorsque les dossiers concernés relèvent de ses compétences (article 47(i) du Règlement (CE) n°45/2001).
À ce jour, le CEPD n'a porté aucune affaire devant la Cour de justice. Trois décisions du CEPD ont été contestées devant la Cour, mais ont été rejetées à un stade précoce (voir, par exemple, l'affaire T-164/09).
La plupart des activités du CEPD en ce domaine concernent les interventions. Le droit d'intervenir s'étend au Tribunal et au Tribunal de la fonction publique.
Dans ses ordonnances du 17 mars 2005 relatives aux affaires concernant les données des dossiers passagers (données PNR), la Cour de justice a décidé que ce droit s'étendait à toutes les questions concernant le traitement des données à caractère personnel. Cela signifie concrètement que le droit du CEPD à intervenir dans des affaires portées devant la Cour ne se limite pas aux dossiers dans lesquels des institutions ou des organes de l'UE ont traité des données à caractère personnel mais s'étend à toutes les questions touchant à la protection des données à caractère personnel, que ce soit au niveau de l'UE ou des États membres.
Selon l'ordre du président dans l'affaire C-73/07, le droit d'intervention ne s'étend pas aux procédures préjudicielles (rtu de l'article 267 TFUE).
Dans ses interventions, le CEPD vise à clarifier la question de la protection des données. Il est intervenu dans les affaires suivantes:
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